更正通知書に十分な理由が記載されているかという「理由付記の瑕疵の問題」と，訴訟 において，課税庁は，処分時に現実に認定した処分理由と異なる理由を主張できるか，と りわけ処分時に実際に付記した理由と異なる理由を主張できるかという「理由の差替えの 問題」とを分けて考察すべきである。本稿では，理由の差替えは，訴訟における課税庁側 の主張制限の問題，訴訟における攻撃防禦の方法に係る制約として捉えている。 理由の差替えが一定の範囲で制限される根拠について，納税者の権利保護や手続的保障 を要請する規定（憲 30，84），又は青色申告書に係る更正の理由付記規定（所得税 155 ②， 法人税 130 ②）をその主たる候補として挙げることができる。もっとも，理由付記規定を もって理由の差替えを禁ずる直接的根拠とすることには一定の困難があり，処分適正化と 不服申立便宜という理由付記規定の趣旨に反するため，理由の差替えが禁じられる又は課 税庁における訴訟上の主張は制限される，というような説明をすることが穏当である。納 税者の権利保護や手続的保障の見地を強調するとしても，課税庁に対して理由付記に記載 していなかった事実や証拠等を追加で主張ないし提出することを全面的に禁ずるような強 い制限を加えることは難しい。
